苹果的蓝牙支持哪些协议？

参考这个link 不同的设备支持的协议不同。

开发配件是是否需要使用加密芯片？

同样的link下面有 这样一行字
注：iOS 需要远程蓝牙设备支持加密连接。在 iOS 设备和蓝牙设备之间建立配对记录时，还应在两台设备之间设置加密。注：iOS 需要远程蓝牙设备支持加密连接。在 iOS 设备和蓝牙设备之间建立配对记录时，还应在两台设备之间设置加密。

用哪几个通道和蓝牙配件通信。

参见上述link。

如果需要开发或者制造相关的蓝牙设备，可能需要申请MFI证书。

详见 这个link

但是如果只是打算开发相关的APP，则不需要加入MFI。

开发APP时，所有的资料都在External Accessory Framework Reference 和 External Accessory Programming Topics中。

关于蓝牙4.0的区别

可以参见维基百科 和 蓝牙3.0和蓝牙4.0的区别

iPhone 4s 以上支持4.0 iPad 3.0以上 iPad Mini 及以上版本 支持 蓝牙4.0协议